Ilościowa analiza metylacji DNA z wykorzystaniem technologii EpiTYPER
MassARRAY do analizy metylacji DNA. System umożliwia precyzyjną analizę metylacji DNA na poziomie pojedynczych miejsc CpG, łącząc spektrometrię mas MALDI-TOF z dedykowanym oprogramowaniem i zestawami odczynników. Zapewnia wysoką dokładność, powtarzalność oraz skalowalność w badaniach epigenetycznych.
Zastosowania
- Ilościowa analiza metylacji DNA w regionach CpG
- Walidacja wyników NGS i macierzy metylacyjnych
- Badania promotorów genów i regulacji ekspresji
- Badania epigenetyczne w projektach naukowych
Kluczowe korzyści
- Analiza wielu CpG w amplikonach 200–600 bp
- Wykrywanie zmian metylacji już od ~5%
- Wysoka precyzja (CV ~5%) i powtarzalność między laboratoriami
- Analiza dziesiątek–setek próbek w jednym przebiegu
- Wyniki w ~8 godzin (od DNA do danych)
Technologia
Workflow oparty na konwersji bisulfitowej DNA, amplifikacji PCR oraz transkrypcji i specyficznym cięciu RNA. Powstałe fragmenty różnią się masą w zależności od poziomu metylacji, co umożliwia ich ilościową analizę przy użyciu spektrometrii MALDI-TOF.
Elastyczność i workflow
- Brak potrzeby projektowania primerów specyficznych dla CpG
- Brak konieczności oczyszczania produktów PCR
- Formaty 96- i 384-dołkowe
- Dedykowane oprogramowanie do analizy i wizualizacji danych
Typy próbek
- Tkanki świeże i mrożone
- Tkanki FFPE
- Różnorodne materiały biologiczne po konwersji bisulfitowej DNA
