Genotypowanie iPLEX
Naukowo udowodniono, że część mutacji ma charakter powtarzalny dla danego typu schorzenia, a ich obecność związana jest z wystąpieniem konkretnych objawów np. choroby nowotworowej. W związku z tym stanowią one ważny czynnik decydujący o postawieniu diagnozy i są ważne przy doborze odpowiedniej terapii. Szczególnie ważne jest stosowanie odpowiednich narzędzi, zdolnych do wydajnego i niezawodnego wykrywania tego rodzaju nieprawidłowości. Ponadto, ważnym problemem współczesnej molekularnej diagnostyki onkologicznej jest fakt istnienia zmian genetycznych niemożliwych do wykrycia przy pomocy standardowego kariotypowania lub fluorescencyjnej hybrydyzacji in situ.
Jedną z nowoczesnych metod jest analiza jednonukleotydowych polimorfizmów (SNP, Single Nucleotide Polymorphism) metodą MALDI TOF. Wstępnym etapem procesu przygotowania próbki jest namnażanie badanego materiału za pomocą łańcuchowej reakcji polimerazy (PCR, polymerase chain reaction). Następnie przy wykorzystaniu enzymu alkalicznej fosfatazy usuwane są wszystkie pozostałości po reakcji PCR mogące mieć wpływ na badane masy. Główny etap stanowi tak zwana reakcja iPLEX®– specjalne startery przygotowane dla badanej próbki uczestniczą w wydłużaniu z wykorzystaniem dideoksynukleotydów terminalnych odpowiednio zmodyfikowanych pod względem masy cząsteczkowej. Po zakończeniu reakcji multipleksowej (w jednym dołku może dochodzić do amplifikacji nawet do 40 różnych produktów) uzyskany materiał jest analizowany w spektrometrze mas. Wykryte różnice w uzyskanych widmach masowych pozwalają na ujawnienie istniejących polimorfizmów pojedyńczych nukleotydów (SNP) lub profilu mutacji (głównie substytucji).
W metodzie proponowanej przez firmę AGENA Bioscience, dużo czulszy jest poziom detekcji mutacji somatycznych w porównaniu do tradycyjnego sekwencjonowania metodą Sangera lub też sekwencjonowania przy pomocy sekwenatorów następnej generacji. Limit czułości wykrywania mutacji metodą nowoczesnego sekwencjonowania wynosi 2-10% występowania w populacji. Natomiast czułość detekcji mutacji systemu MassARRAY wynosi 0,1-0,5%.
System MassARRAY pozwala na genotypowanie na aparacie w wersji dedykowanej do SpecrtoCHIP’ów 96 lub 384 dołków, umożliwiając jednocześnie znaczne obniżenie kosztu analizy. Multipleksowa analiza iPLEX pozwala na ocenę do 40 mutacji za cenę niższą niż w przypadku, zastosowania metody Real-time PCR czy też sekwencjonowanie pojedynczej nici metodą Sangera. Szacowane koszty dotyczą odczynnikó i materiałów eksploatacyjnych, nie wliczając kosztów amortyzacji, czasu pracy i kosztów pośrednich.
Do pobrania:
